Desain primer dan analisis in silico gen glutathione peroxidase-1 pada Rattus norvegicus

Article Sidebar

PDF
Published: Oct 31, 2023
DOI: https://doi.org/10.24912/tmj.v5i2.25751
Keywords:
Desain Primer Gpx1 Rattus norvegicus

Main Article Content

Syahrul Ramadhanil
Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Negeri Padang
Frisca Rinaldi Putri
Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Negeri Padang
Siska Alicia Farma
Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Negeri Padang

Abstract

ABSTRAK


 


Hipoksia merupakan keadaan patologis di dalam tubuh yang disebabkan oleh kurangnya asupan oksigen di dalam sel atau jaringan yang dapat mengancam kelangsungan hidup sel. Hipoksia mengkode protein faktor transkripsi yang disebut dengan hypoxia inducible factor-1 (HIF-1α) yang dapat meningkatkan pembentukan dan pelepasan reactive oxygen species (ROS) dari dalam mitokondria. Pengembangan metode uji deteksi gen yang dapat menurunkan kadar HIF-1α sangat diperlukan. Salah satu metode yang mudah dan cepat dalam mengidentifikasi gen menggunakan Rattus norvegicus ialah metode Polymerase Chain Reaction (PCR). Desain primer dan analisis in silico merupakan langkah awal dalam pengembangan metode deteksi gen. Studi ini bertujuan mendesain primer untuk deteksi gen glutathione peroxidase-1 (Gpx1) pada Rattus norvegicus lalu dianalisis in silico. Sekuens gen Gpx1 Rattus norvegicus (NC_030826) diperoleh dari pangkalan data National Center of Biotechnology Information (NCBI). Primer didesain menggunakan perangkat lunak Geneious Prime. Selanjutnya, beberapa kandidat primer dianalisis spesifisitasnya terhadap gen Gpx1 secara in silico menggunakan perangkat lunak, yaitu Primer‐BLAST. Primer yang spesifik terhadap gen Gpx1 pada Rattus norvegicus berhasil didesain dengan sekuens primer forward 5’‐AAGGCTCACCCGCTCTTTAC‐ 3’; sekuen primer reverse 5’‐TGGAACACCGTCTGGACCTA‐3’.

Article Details

Issue
Vol. 5 No. 2 (2023): TARUMANAGARA MEDICAL JOURNAL
Section
Artikel Asli
Creative Commons License

This work is licensed under a Creative Commons Attribution-NonCommercial-ShareAlike 4.0 International License.

Penulis yang menerbitkan artikelnya di Tarumanagara Medical Journal (TMJ) setuju dengan ketentuan sebagai berikut:

  1. Penulis mempertahankan hak cipta dan memberikan jurnal hak publikasi pertama dengan bekerja secara bersamaan dilisensikan di bawah Creative Commons Attribution yang memungkinkan orang lain untuk berbagi karya dengan pengakuan atas kepengarangan dari karya asli dan publikasi dalam jurnal ini.
  2. Penulis dapat masuk ke dalam pengaturan kontrak tambahan yang terpisah untuk distribusi non-eksklusif jurnal versi pekerjaan yang dipublikasikan (misalnya, memposting ke repositori institusional atau menerbitkannya dalam buku), dengan pengakuan publikasi awal dalam jurnal ini.
  3. Setiap teks yang dikirim harus disertai dengan "Perjanjian Transfer Hak Cipta" yang dapat diunduh melalui tautan berikut: Unduh
Author Biographies

Syahrul Ramadhanil, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Negeri Padang

Departemen Biologi

Frisca Rinaldi Putri, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Negeri Padang

Departemen Biologi

Siska Alicia Farma, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Negeri Padang

Departemen Biologi

References

Wanandi SI, Dewi S, Paramita R. Ekspresi relatif mRNA HIF-1α pada jantung, otak dan darah tikus selama induksi hipoksia sistemik. Makara J Sci. 2009;13(2):185-8.

Semenza GL. Oxygen sensing, homeostasis, and disease. N Engl J Med. 2011;365(6):537–47.

Prabhakar NR. Sensing hypoxia: physiology, genetics and epigenetics. J Physiol (Lond). 2013;591(9):2245–57.

Edhiatmi M, Arozal W, H Purwaningsih E. Efek Kombinasi Ekstrak Etanol Acalypha indica dan Centella asiatica pada Jantung Tikus Pascahipoksia: Gen Hif-1a, Troponin I dan Stres Oksidatif. Jurnal Jamu Indonesia. 2016;1(2):20–30.

Mandia S, Marusin N, Santoso P. Analisis histologis ginjal ikan Asang (Osteochilus hasseltii) di Danau Maninjau dan Singkarak, Sumatera Barat. Jurnal Biologi UNAND. 2013; 2(3):194-200.

Parwata IMAO. Bahan Ajar: Antioksidan. Denpasar: Universitas Udaya. 2016.

Adawiah A, Sukandar D, Muawanah A. Aktivitas antioksidan dan kandungan komponen bioaktif sari buah namnam. Jurnal Kimia Valensi. 2015;1(2):130-6.

Syarifah AS, Supriyanto. Efek timbal (Pb) pada enzim scavenger. Malang: Rena Cipta Mandiri. 2022.

Yuniastuti A. Monograf: Dasar molekuler glutation dan perannya sebagai antioksidan. Semarang: FMIPA Unnes. 2016.

Rodríguez A, Rodríguez M, Córdoba JJ, Andrade MJ. Design of primers and probes for quantitative real-time PCR methods. Methods Mol Biol. 2015;1275:31–56.

Nuraini H, Primasari A, Andreas E, Sumantri C. The Use of Cytochrome b Gene as a Specific Marker of the Rat Meat (Rattus norvegicus) on Meat and Meat Products. Med Pet. 2012;35(1):15–20.

Ahamad MNU, Ali MdE, Hossain MAM, Asing A, Sultana S, Jahurul MHA. Multiplex PCR assay discriminates rabbit, rat and squirrel meat in food chain. Food Addit Contam Part A Chem Anal Control Expo Risk Assess. 2017;34(12):2043–57.

Cahyadi M, Wibowo T, Pramono A, Abdurrahman ZH. A Novel Multiplex-PCR Assay to Detect Three Non-Halal Meats Contained in Meatball using Mitochondrial 12S rRNA Gene. Food Sci Anim Resour. 2020;40(4):628–35.

VanGuilder HD, Vrana KE, Freeman WM. Twenty-five years of quantitative PCR for gene expression analysis. Biotechniques. 2008;44(5):619–26.

Purcell RV, Pearson J, Frizelle FA, Keenan JI. Comparison of standard, quantitative and digital PCR in the detection of enterotoxigenic Bacteroides fragilis. Sci Rep. 2016;6(1):34554.

Judelson, H. Guidelines for Designing Primers. [Internet]. 2011. Available from: http://oomyceteworld.net/protocols/primer%20designing2.pdf

Suryadi PT, Ratnayani K, Yowani SC. Desain Primer untuk Amplifikasi Gen katG Multidrug Resistance Tuberculosis (MDR-TB) dengan Metode Polymerase Chain Reaction (PCR). Jurnal Kimia. 2014;8(1):77-82.

Sari RN, Dewi RW, Dewi VR, Yowani SC, Yustiantara PS. 2018 Desain Primer untuk Amplifikasi Regio Promoter Gen inh A Isolat P016 Multidrug Resistance Mycobacterium tuberculosis dengan Metode Polymerase Chain Reaction. Jurnal Farmasi Udayana. 2018;7(1):34-9.

Shen Z, Qu W, Wang W, Lu Y, Wu Y, Li Z, et al. MPprimer: a program for reliable multiplex PCR primer design. BMC Bioinformatics. 2010;11:143.

Hung JH, Weng Z. Designing polymerase chain reaction primers using primer3plus. Cold Spring Harb Protoc. 2016;2016(9).

Maitriani LKB, Wirajana IN, Yowani SC. Desain primer untuk amplifikasi fragmen gen inhA isolat 134 multidrug resistance tuberculosis (MDR-TB) dengan metode polymerase chain reaction. Cakra Kimia. 2015;3(2):89-96.

Rodrigues MS, Morelli KA, Jansen AM. Cytochrome c oxidase subunit 1 gene as a DNA barcode for discriminating Trypanosoma cruzi DTUs and closely related species. Parasit Vectors. 2017;10(1):488.

Bustin S, Huggett J. qPCR primer design revisited. Biomolecular Detection and Quantification. 2017;14:19–28.

Andita, M. F. Pengaruh Pemberian Astaxanthin Terhadap Aktivitas Spesifik Enzim Glutation Peroksidase Jaringan Hepar Tikus Putih (Rattus norvegicus) Jantan Galur Wistar Yang Diinduksi Formaldehid Secara Oral. Jurnal Mahasiswa PSPD FK Universitas Tanjungpura. 2015;5(1):[15p].

Lorenz TC. Polymerase chain reaction: basic protocol plus troubleshooting and optimization strategies. J Vis Exp. 2012;22(63):e3998.

Saraswati H, Seprianto S, Wahyuni FD. Desain Primer Secara In Silico untuk Amplifikasi Gen cryIII dari Bacillus thuringiensis Isolat Lokal. Indonesian Journal of Biotechnology and Biodiversity. 2019;3(1):33-8.

Borah P. Primer designing for PCR. Science Vision. 2011;11(3):134-6.

Ye J, Coulouris G, Zaretskaya I, Cutcutache I, Rozen S, Madden TL. Primer-BLAST: a tool to design target-specific primers for polymerase chain reaction. BMC Bioinformatics. 2012;13:134.