Pengaruh evolusi virus H3N2 pada perubahan hemaglutinin, neuraminidase dan efeknya terhadap Major Histocompatibility Complex (MHC) kelas II di Indonesia pada tahun 2005-2019

Article Sidebar

PDF
Published: Nov 1, 2021
DOI: https://doi.org/10.24912/tmj.v4i1.13712
Keywords:
evolusi virus H3N2 Indonesia Hemaglutinin Neuraminidase MHC kelas II

Main Article Content

Alvian Rendy Santoso
FK Univ. Tarumanagara
Erick Sidarta
FK Univ. Tarumanagara

Abstract

Virus H3N2 merupakan salah satu virus yang dapat menyebabkan terjadinya epidemi dan pandemi di seluruh belahan dunia. Di Indonesia sendiri, virus ini merupakan penyebab 64,6% penyakit influenza. Virus H3N2 merupakan virus RNA yang dapat berevolusi dengan cepat sehingga dapat menyebabkan terjadinya kegagalan vaksinasi ataupun respon imun yang tidak sempurna dalam mengeliminasi virus. Molekul major histocompatibility complex (MHC) kelas II adalah komponen yang penting bagi respon imun dalam proses mengeliminasi virus. Pada proses ini, sel T helper akan teraktivasi dan menghasilkan sitokin yang menstimulasi sel imun lainnya. Tujuan studi ini adalah mengetahui pengaruh evolusi virus H3N2 Indonesia pada perubahan hemaglutinin, neuraminidase dan efeknya terhadap pengikatan MHC kelas II pada tahun 2005 - 2019. Data 133 gen HA dan 130 gen NA virus H3N2 di Indonesia tahun 2005 sampai 2019 diperoleh melalui bank data Global Initiative on Sharing All Influence Data (GISAID). Evaluasi dilakukan secara in silico berupa pembangunan pohon filogenetik melalui software MEGA X, uji pengikatan MHC kelas II melalui Immune Epitope Data Base (IEDB) dan uji antigenisitas melalui software Vaxijen 2.0. Pada pohon filogenetik menunjukkan kekerabatan antar sekuens dan terjadinya antigenic drift pada virus H3N2 di Indonesia. Hasil uji pengikatan MHC kelas II dan antigenisitas menunjukkan adanya perubahan skor akibat terbentuknya beberapa variasi epitop seperti pada pada predicted sites 151-165 dengan skor 0.7728 ? 0.4373. Pada studi ini didapatkan juga beberapa epitope sebagai prediksi pembuatan vaksin seperti predicted sites 441-455 gen HA. Evolusi virus H3N2 di Indonesia mengakibatkan terjadinya perubahan atau hilangnya prediksi pengikatan terhadap MHC kelas II dan HLA dominan.

Article Details

Issue
Vol. 3 No. 2 (2021): TARUMANAGARA MEDICAL JOURNAL
Section
Artikel Asli
Creative Commons License

This work is licensed under a Creative Commons Attribution-NonCommercial-ShareAlike 4.0 International License.

Penulis yang menerbitkan artikelnya di Tarumanagara Medical Journal (TMJ) setuju dengan ketentuan sebagai berikut:

  1. Penulis mempertahankan hak cipta dan memberikan jurnal hak publikasi pertama dengan bekerja secara bersamaan dilisensikan di bawah Creative Commons Attribution yang memungkinkan orang lain untuk berbagi karya dengan pengakuan atas kepengarangan dari karya asli dan publikasi dalam jurnal ini.
  2. Penulis dapat masuk ke dalam pengaturan kontrak tambahan yang terpisah untuk distribusi non-eksklusif jurnal versi pekerjaan yang dipublikasikan (misalnya, memposting ke repositori institusional atau menerbitkannya dalam buku), dengan pengakuan publikasi awal dalam jurnal ini.
  3. Setiap teks yang dikirim harus disertai dengan "Perjanjian Transfer Hak Cipta" yang dapat diunduh melalui tautan berikut: Unduh
Author Biography

Erick Sidarta, FK Univ. Tarumanagara

Histologi

References

Yang H, Carney PJ, Chang JC, Guo Z, Villanueva JM, Stevens J. Structure and receptor binding preferences of recombinant human A(H3N2) virus hemagglutinins. Virology.2015;477:18–31.

Kosasih H, Roselinda, Nurhayati, Klimov A, Xiyan X, Lindstrom S, et al. Surveillance of influenza in Indonesia, 2003-2007: Influenza surveillance in Indonesia. Influenza Other Respir Viruses. 2013;7(3):312–20.

Vemula SV, Zhao J, Liu J, Wang X, Biswas S, Hewlett I. Current approaches for diagnosis of influenza virus infections in humans. Viruses.;8(4):96.

Shao W, Li X, Goraya MU, Wang S, Chen JL. Evolution of influenza A virus by mutation and re-assortment. IJMS. 2017;18(8):1650.

Yang J, Liu S, Du L, Jiang S. A new role of neuraminidase (NA) in the influenza virus life cycle: implication for developing NA inhibitors with novel mechanism of action. Rev Med Virol. 2016;26(4):242–50.

Major histocompatibility complex molecules and antigen presentation to T lymphocytes. In: Abbas AK, Lichtman AH, Pillai S. Cellular and Molecular Immunology. 8th ed. Philadelphia: Elsevier Saunders; 2015. p.107-136.

Finlay BB, McFadden G. Anti-Immunology: Evasion of the host immune system by bacterial and viral pathogens. Cell. 2006;124(4):767–82.

Treanor J. Influenza Vaccine — Outmaneuvering antigenic shift and drift. NEJM. 2004;350(3):218–20.

Allen JD, Ross TM. H3N2 influenza viruses in humans: viral mechanisms, evolution, and evaluation. Human Vaccines & Immunotherapeutics. 2018;14(8):1840–7.

Agustiningsih A, Trimarsanto H, Restuadi R, Artika IM, Hellard M, Muljono DH. Evolutionary study and phylodynamic pattern of human influenza A/H3N2 virus in Indonesia from 2008 to 2010. Chiang T-Y, editor. PLoS ONE;13(8):e0201427.

Duvvuri VR, Marchand-Austin A, Eshaghi A, Patel SN, Low DE, Gubbay JB. Potential T cell epitops within swine-origin triple reassortant influenza A (H3N2) variant virus which emerged in 2011: An immunoinformatics study. Vaccine. 2012;30(42):6054–63.

Babon JAB, Cruz J, Orphin L, Pazoles P, Co MDT, Ennis FA, et al. Genome-wide screening of human T-cell epitops in influenza A virus reveals a broad spectrum of CD4+ T-cell responses to internal proteins, hemagglutinins, and neuraminidases. Human Immunology. 2009;70(9):711–21

Homan EJ, Bremel RD. Patterns of predicted T-cell epitops associated with antigenic drift in influenza H3N2 hemagglutinin. PLoS ONE. 2011;6(10):e26711.

Doytchinova IA, Flower DR. Identifying candidate subunit vaccines using an alignment-independent method based on principal amino acid properties. Vaccine. 2007;25(5):856-66.